«Bongarsiana» bezeichnet die Handschriftensammlung des französischen Humanisten und Diplomaten Jacques Bongars (1554–1612). Nach Bongars’ Tod fiel seine Bibliothek an seinen Erben, den Strassburger Bankierssohn Jakob Graviseth (1598–1658), der die Berner Schultheissentochter Salome von Erlach (1604–1636) heiratete. So gelangte die Bongarsiana von Strassburg zuerst nach Basel und 1632 in die Berner Stadtbibliothek. Die Sammlung besteht aus etwa 700 mittelalterlichen und frühneuzeitlichen Handschriften und 150 Fragmenten, die grösstenteils aus Klöstern um Orléans (Fleury, Micy), aber auch aus Paris und Nordfrankreich sowie den Regionen um Strassburg und Metz stammen. Dazu kommen ungefähr 3 000 Druckschriften, die das Zentrum Historische Bestände der Universitätsbibliothek Bern zugänglich macht. 

Der alte Berner Bestand umfasst gut 100 Handschriften, die sich bereits vor der Schenkung der Bongarsiana 1632 im Besitz der Berner Stadtbibliothek befanden. Zu diesem Bestand gehören Handschriften aus in der Reformationszeit aufgehobenen Klöstern sowie aus Privatbibliotheken von Berner Gelehrten und Geistlichen. Nach der Vereinigung mit der Bongarsiana um 1700 gelangten im 18. und 19. Jahrhundert weitere 100 Handschriften durch Schenkungen und Ankäufe in die Bibliothek.

Im späten 19. und 20. Jahrhundert ergänzten weitere Schenkungen und Ankäufe den Bereich mit etwa 200 grösstenteils frühneuzeitlichen europäischen, orientalischen, griechischen und hebräischen Handschriften. Dazu kommen 100 Fragmente, bei denen es sich grösstenteils um im 20. Jahrhundert abgelöste Makulatur aus eigenen Beständen handelt. Diese Gruppe ist im 1875 gedruckten Katalog von Hermann Hagen noch nicht erfasst, wird jedoch im Archivkatalog laufend ergänzt.