La « Bongarsiana » désigne la collection de manuscrits du diplomate et humaniste français Jacques Bongars (1554–1612). À sa mort, sa bibliothèque revint à son héritier, Jakob Graviseth (1598–1658), fils d’un banquier strasbourgeois. Graviseth épousa Salome von Erlach (1604–1636), fille d’un avoyer de Berne. De Strasbourg, la collection arriva à Bâle, puis fut transférée en 1632 à la bibliothèque municipale de Berne.
Elle comprend environ 700 manuscrits médiévaux et modernes, ainsi que 150 fragments – principalement issus des abbayes de Fleury et Micy (près d’Orléans) – mais aussi de Paris, du Nord de la France, de Strasbourg et de Metz. En outre, environ 3 000 imprimés sont conservés au Zentrum Historische Bestände de la Bibliothèque universitaire de Berne.

L’ancien fonds bernois contient une centaine de manuscrits que la bibliothèque municipale de Berne possédait avant la donation de la Bongarsiana en 1632. Ces manuscrits sont issus de couvents supprimés à la Réforme et de bibliothèques privées de savants ou d’ecclésiastiques bernois. Après la réunion du fonds bernois avec la Bongarsiana vers 1700, une autre centaine de manuscrits supplémentaires sont arrivés dans la bibliothèque au XVIIIe et XIXe siècle grâce à des dons et des achats.

À la fin du XIXe et au XXe siècle, d’autres dons et achats vinrent enrichir la collection avec environ 200 manuscrits européens, orientaux, grecs et hébreux, datant pour la plupart de l’époque moderne. 

S’y ajoutent une centaine de fragments de reliure (Einbandmakulatur) détachés au XXe siècle de la collection elle-même. Cette groupe ne se trouve pas dans le catalogue de Hermann Hagen imprimé en 1875, mais elle est régulièrement complétée dans le catalogue des archives.