Die Burgerbibliothek sammelt Publikationen zu ihren Archivbeständen und zu archivwissenschaftlichen Themen. Diese können im Lesesaal benutzt, aber nicht ausgeliehen werden. Besonders umfangreich sind die Bestände zu Albrecht von Haller (1708–1777) und Jeremias Gotthelf (1797–1854).

• Bibliotheksbestand zu Albrecht von Haller: Hallers eigene Bibliothek wurde nach seinem Tod nach Mailand verkauft und befindet sich heute zum grössten Teil in der Biblioteca Nazionale Braidense. Die Burgerbibliothek verfügt aber über eine weitgehend vollständige Sammlung seiner Werke und der Sekundärliteratur über ihn.
• Signatur im Bibliothekskatalog: BBB Haller
• Bibliotheksbestand zu Jeremias Gotthelf: Als Ergänzung zu Gotthelfs Nachlass bietet die Burgerbibliothek Bern einen Bestand mit seinen Werken und der Forschungsliteratur über ihn.
• Signatur im Bibliothekskatalog: BBB JG

Als «Historische Bibliotheken» werden in der Burgerbibliothek Sammlungen von gedruckten Publikationen bezeichnet, die ausserhalb der Burgerbibliothek bei Privaten entstanden sind. Seit der Übernahme durch die Burgerbibliothek werden sie als geschlossene Bestände aufbewahrt und nicht mehr ergänzt. Sie dokumentieren die Interessen der Vorbesitzerinnen und Vorbesitzer und ergänzen deren Privatarchive. 

Bibliothek von Mülinen: Die Bibliothek der Familie von Mülinen mit 8 400 Publikationen war in der Zeit des Niklaus Friedrich von Mülinen (1760–1833), Stifter der Schweizerischen Geschichtforschenden Gesellschaft, die bedeutendste Helvetica-Sammlung der Schweiz. Der Bestand umfasst Schriften vom 16. bis zum 20. Jahrhundert, vorwiegend Genealogie, Heraldik und Geschichte, aber auch Werke zur Geschichte anderer europäischer Länder und der USA. Dazu kommen bedeutende Bände mit Druckgrafik.

• Signatur im Bibliothekskatalog: BBB Mül

Bibliothek von Mutach: Die Bibliothek des Ingenieurs Vinzenz von Mutach (1829–1911) mit 1230 Publikationen enthält neben griechischen, lateinischen und französischen Klassikern hauptsächlich Aktenstücke der Revolutionszeit 1784–1803, Flugschriften, Gesetzessammlungen, Schriften zum Gerichts- und Erziehungswesen sowie zur Brandassekuranz.

• Signatur im Bibliothekskatalog: BBB Mut 

Bibliothek der Oekonomischen Gemeinnützigen Gesellschaft Bern: Neben dem Archivbestand der Oekonomischen und Gemeinnützigen Gesellschaft Bern besitzt die Burgerbibliothek auch Teile der ehemaligen Gesellschaftsbibliothek, hauptsächlich Werke des 18. und 19. Jahrhunderts. Neben den Publikationen der Gesellschaft, etwa den «Abhandlungen und Beobachtungen durch die ökonomische Gesellschaft zu Bern gesammelt», umfasst die Bibliothek weitere landwirtschaftliche Fachzeitschriften, Anweisungs- und Hausväterliteratur sowie Publikationen zur Naturgeschichte und Meteorologie.

• Signatur im Bibliothekskatalog: BBB OGG

Bibliothek Zeerleder: Die rund 300 Publikationen umfassende Familienbibliothek, die vor allem Ludwig Zeerleder (1772–1840) pflegte, enthält primär Werke des 18. und 19. Jahrhunderts. Die Themen umfassen: Kunst-, Natur- und Militärgeschichte, Mineralogie, Recht, Philosophie, und Religion.

• Signatur im Bibliothekskatalog: BBB Zeerleder